Diritto
La Corte ritiene che il ricorso sia fondato, sia pure nei limiti di seguito indicati.
Costituisce ius receptum nella giurisprudenza di questa Corte il principio secondo il quale l'intervenuta declaratoria di prescrizione del reato con la sentenza impugnata, non esclude che debba esaminarsi l'eventuale fondatezza del ricorso, anche laddove evoca un difetto di motivazione della sentenza gravata, essendovi le statuizioni civili su cui occorre provvedere, onde l'auspicato [dal ricorrente] proscioglimento nel merito dovrebbe essere adottato ex articolo 129, comma 2, c.p.p., per il principio del favor rei, anche allorquando si vertesse in ipotesi di contraddittorietà o insufficienza della prova della responsabilità (cfr. Sezioni unite, 28 maggio 2009, Tettamanti).
Nel caso in esame la motivazione della sentenza gravata appare lacunosa poiché la Corte distrettuale non ha adeguatamente affrontato il tema della colpa imputabile al P.E. nella qualità di direttore dei lavori, essendosi soffermata sulla posizione di garanzia dallo stesso rivestita e su una situazione di estremo disordine del cantiere, al quale avrebbe contribuito in modo ineludibile l'inerzia dell' imputato.
Tali conclusioni non si confrontano con le censure sviluppate con i motivi di impugnazione e con i principi consolidati di questa Corte in ordine agli obblighi gravanti sul direttore dei lavori.
Secondo la giurisprudenza consolidata di questa Corte ( v. da ultimo, Sezione IV, 13 febbraio 2014, n. 18459, Brioschi ed altri), la qualifica di direttore dei lavori non comporta automaticamente la responsabilità per la sicurezza sul lavoro ben potendo l'incarico di direttore limitarsi alla sorveglianza tecnica attinente alla esecuzione del progetto ( v. in questo senso anche Sezione IV, 26 marzo 2003, Viscovo, rv. 227070).
Si è, infatti, chiarito, sia pure con riferimento al d.P.R. n. 547 del 1955, artt. 4 e 5, (essendo sotto tale profilo analogo il disposto degli attuali d.Lgs. n. 81 del 2008, artt. 17, 18 e 19), che destinatari delle norme antinfortunistiche sono i datori di lavoro, i dirigenti e i preposti, mentre il direttore dei lavori per conto del committente è tenuto alla vigilanza dell'esecuzione fedele del capitolato di appalto nell'interesse di quello e non può essere chiamato a rispondere dell'osservanza di norme antinfortunistiche ove non sia accertata una sua ingerenza nell'organizzazione del cantiere.
Ne consegue che una diversa e più ampia estensione dei compiti del direttore dei lavori, comprensiva anche degli obblighi di prevenzione degli infortuni, deve essere rigorosamente provata, attraverso l'individuazione di comportamenti che possano testimoniare in modo inequivoco l'ingerenza nell'organizzazione del cantiere o l'esercizio di tali funzioni.
Nel caso in esame, la Corte di merito, ha ritenuto il P.E. corresponsabile della situazione di grave disordine del cantiere, a prescindere dalla questione del difetto del dispositivo di sicurezza anticaduta del montacarichi, che aveva dato causa all'evento mortale e non si è soffermata sulle concrete attribuzioni allo stesso affidate e sulle circostanza indicative della sua ingerenza nella organizzazione del cantiere.
In questa situazione il giudice di appello ha affermato, senza i necessari riscontri, che il P.E. sarebbe venuto meno ai doveri fondamentali gravanti sul direttore dei lavori, omettendo di esercitare un efficace controllo ed una diligente vigilanza al fine di far rispettare le disposizioni impartite.
Si impone, pertanto, l'annullamento con rinvio della sentenza impugnata.
Le Sezioni Unite di questa Corte hanno recentemente precisato che, nel caso in cui il giudice di appello dichiari non doversi procedere per intervenuta prescrizione del reato senza adeguatamente motivare in ordine alla responsabilità dell'imputato ai fini delle statuizioni civili, l'eventuale accoglimento del ricorso per cassazione proposto dall'imputato impone l'annullamento della sentenza con rinvio al giudice civile competente per valore in grado di appello, a norma dell'art. 622 c.p.p.(così Sezioni unite, 18 luglio 2013, Sciortino, rv. 256087). Il giudice civile si pronuncerà anche sulla questione prospettata con il secondo motivo di ricorso afferente le statuizioni civili irrogate con la sentenza di primo grado.